光是这两个系统的政、军管理机关还不够，如何能保证这些机构的官员都忠心尽职，完善地执行皇帝命令呢?还得另外有一套监察机构。
监察机关原来是元朝的御史台。洪武十五年(1382)改为都察院，长官是左右都御史，左右副都御史、左右佥都御史。下有监察御史一百一十人，按照布政使司的设置，以一布政使司所辖地区为一道，分掌十三道。职权是纠劾百司，辨明冤枉，凡大臣奸邪，小人构党作威作福乱政，贪污舞弊，“学术不正”,和变乱祖宗制度的都可随时举报弹劾。监察御史是七品官，品级和外任的知县一样，但是很有权力，皇帝利用他们来钳制大官，以小制大，以内制外，赋予他们以什么话都可以说，什么意见都可以提，什么大官以至王公都可以告发的权力。这衙门的官员被皇帝看作是耳目，替皇帝听，替皇帝看，随时向皇帝报告，也被皇帝看作是鹰犬，替皇帝追踪、搏击不忠于皇朝的官民。一句话是替皇帝监视官僚的机关，是替皇帝保持传统的思想、纲纪的机关。监察御史在朝监察一切官僚机构；出使到地方的，有巡按、清军、提督学校、巡盐、茶马、监军等职务，其中巡按御史算是代替皇帝巡查地方，按临所部，小事立断，大事奏裁，是最有威权的一个差使。