恩达达耶总统上台后，致力实现民族和解，如任命图西族的西尔维·基尼吉女士为总理，以求部族之间的平衡，而忽视了政界和武装部队中根深蒂固的部族主义倾向。他过早地同意让部族主义思想严重的前总统巴加扎在布约亚执政时回国，匆忙地释放极端的部族主义分子、军界领导人让·比科马古和姆博宁帕，特别是重新起用让·比科马古为武装部队总参谋长。这些军政界人物还都有争夺权力的个人野心。果真，在恩达达耶上台不久，就出现了策划政变、推翻恩达达耶总统的阴谋活动。
凌晨政变
1993年7月3日凌晨3时，来自首都布琼布拉的穆哈军营的伞兵突击队包围了恩达达耶总统的官邸，包围了银行，切断了首都与外界的联系。政变部队的目的是推翻恩达达耶政府，重新建立图西族执掌的政权。政变者曾努力争取其他部队的支持，对总统府卫队进行游说，但均未获得成功。凌晨5时30分，忠于政府的部队采取行动，包围了政变部队，并解除了他们的武装。被逮捕的政变者中有1名少校和2名上尉。恩达达耶害怕深究图西族军人的叛乱会引起武装部队的动乱，因而对这次未遂政变没有作进一步的追查。因而隐伏了后患。