2013年3月，第十二届全国人民代表大会第一次会议审议通过的《国务院机构改革和职能转变方案》，决定组建国家食品药品监督管理总局，对食品药品实行统一监督管理。4月，《国务院关于地方改革完善食品药品监督管理体制的指导意见》指出，省、市、县级政府原则上参照国务院整合食品药品监督管理职能和机构的模式，结合本地实际，将原食品安全办、原食品药品监管部门、工商行政管理部门、质量技术监督部门的食品安全监管和药品管理职能进行整合，组建食品药品监督管理机构，对食品药品实行集中统一监管，同时承担本级政府食品安全委员会的具体工作。地方的食品药品监管实行省以下分级监管。新一轮食品药品监管机构改革在全国各省开始启动。2013年11月，《中共中央关于全面深化改革若干问题的决定》提出多重改革目标：（1）完善统一权威的食品药品安全监管机构；（2）实行统一的市场监管；（3）整合执法主体，推进综合执法；（4）积极稳妥实施大部门制，减少机构数量和领导职数。2014年6月，《国务院关于促进市场公平竞争维护市场正常秩序的若干意见》提出，要加强食品药品等重点领域基层执法力量，探索综合设置市场监管机构，原则上不另设执法队伍。