朱熹的学问，总算是宋学的集大成，他既很讲究心性的精微，而于致用之学，以及孔门的经，也极意考究。朱子所注的经极多。除《四书集注》外，于《易》有《本义》，于《诗》有《集传》，《书》则蔡沈的《传》，是承朱子意思作的。于《礼》则有《仪礼经传通解》，于《春秋》虽没有书，然他所编的《纲目》，实在自以为继《春秋》而作的。所以他的学问，可以代表（一）修己治人，一以贯之，和（二）承佛老之后的反动力，返而求之于儒的两种思想。前一种，是吸取魏晋到唐老学和佛学的精华，以建设一新儒学，革新儒家的面目。后一种，则系承佛老之学大盛之后，矫其过盛之弊，而还之于实用。这两种都是当时学术界上应有的思想。朱熹实在能够代表他，所以朱熹在宋学中，总可称为正统派。
但他所讲的格物致知：“盖人心之灵，莫不有知；而天下之物，莫不有理；惟其理有未穷，故其知有不尽也。是以大学始教，必使天下学者，即其已知之理而益穷之，以求至乎其极，而一旦豁然贯通焉，则众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣。”实在是空空洞洞，无从下手的。而且要把天下的物，格得“表里精粗无不到”，而后“吾心之全体大用无不明”，这种致知，也可以说永远没有达到目的一天的。所以有陆九渊一派出来，说即物穷理是“支离”，要先启发人本心之明，和他对峙。