同时，原有的主导文化逐渐失去权威。一种相对稳定的主导文化，总要与同样相对稳定的社会环境相适应。两汉时期神学化的儒学所以长期处于独尊地位，也是和它适应汉帝国大一统专制集权制度的需要分不开的。汉武帝时，董仲舒借用阴阳家的理论，对儒学进行神秘主义改造，创立了一整套天人合一的宇宙观和政治论。以后又在统治者的主持下不断完善，实行谶纬化，使本来作为文化一脉的儒学在政治意识形态领域里具有类似宗教的约束力。但是随着分裂割据取代了大一统，汉代儒学一尊地位的政治基础出现危机，传统的价值观逐渐变异。于是，一部分士人开始对于名教之治基石的“三纲”产生了较深的疑惑。否定君臣之义、父子之伦，以及夫妻之间不拘礼法的言论和行为，颇行于世。儒学在魏晋南北朝时期地位的衰落，就在于它过分依赖两汉社会的政治权力。这种受权力支配的学术处处委身于政治规律，自然也承受不起任何巨大的社会变动。汉代儒学在被统治者推向极致后，逐渐出现两种弊端：一方面因过分的章句推演而导致繁琐穿凿；另一方面则因灾异学说和图谶纬书的缠绕堕落成粗糙庸俗的神学。繁琐穿凿使人不得要领，易生厌烦；神学粗糙必然破绽百出，欺骗性很差。于是，从东汉后期起一批学者改弦更张，或对儒学本身进行清理，或援入道家的思想对儒学进行再造。著名学者郑玄兼综诸家，遍注群经，对混乱的汉代经学做了一番总结性的清理，为后世解经奠定了正例。正因为此，正统儒学能够顶着强劲的玄风，在东晋南朝相继不绝；十六国北朝，儒学虽然未取得独尊地位，但受到社会上下的重视，更是不争的事实。学者振兴儒学另一举措是清除谶纬。从汉末起，有识之士不断地对谶纬神学展开无情的批判。魏晋南北朝，谶纬不但从儒学中被大部分剥离出来，而且受到官方明令禁绝。汉末最早向玄学潜行的人物是马融。这位经学大师，公开颂扬“生贵于天下”的老庄理论。汉魏之际，“荆州学派”已公开阐扬玄理[25]。进入魏晋，玄言大倡，流派纷呈，先是在京洛，后在南方取代儒学，成为学术文化的主流。玄学家中，不同时代或同一时代不同人物之间的学术见解有很大差异。但是，他们都或轻或重地用老庄之学否定了汉儒的天命观，不同程度地动摇了汉儒所倡导的名教之治，有意无意地抬高了老子的地位，甚至将之与孔子比肩。玄学在理论思维上的高度是汉代儒学无法企及的。汉儒在哲学上基本停留在具体的现象世界，抽象思维水平很低，而玄学则精致得多、深刻得多。玄学探讨的是现象世界背后的本质，希望能从某种具体事物形态之外寻找世界统一性的原理，从而提出了本（本质）末（现象）两者关系的本体论哲学问题。玄学涉及从世界观、方法论、认识论到人性论，以及政治论等一系列哲学范畴，把我国古代哲学理论思维水平大大提高了一步。它的出现有如一股春风，吹进了汉儒统治下的思想文化界，一扫沉闷为清新，士人莫不趋之若鹜。