19世纪80年代后，福泽谕吉虽仍苦心经营庆应义塾和广泛开展创作活动，但随着日本资本主义制度的确立和国力的增强，他已失去了那种破坏旧世界的热情，他的政治思想开始趋于保守，民族主义思想逐渐恶性膨胀。福泽谕吉的活动目的开始由提倡“文明开化”转变为追求“富国强兵”。对国内，他在政治问题上持所谓不偏不倚的中立主义，主张国权优先，劝说民权派消除不满，希望实现“官民调和”；对国外，他倡导所谓“脱亚入欧论”，主张日本脱离亚洲阵营，与欧美列强为伍，共同参与侵略东方邻国的勾当。
1890年，福泽谕吉对庆应义塾进行学制改革，成立以大学本部为中心的小学6年、中学5年、大学5年的一贯制教育体制。
1897年，福泽谕吉开始回顾自己的著述生涯，整理文稿，准备出版《全集》。1901年2月3日，福泽谕吉因患脑溢血病逝世，时年66岁。
二、论“文明开化”和“崇实致用”
福泽谕吉生平有两大誓愿：一是希望国民从封建束缚下解放出来，二是希望日本从欧美列强的压迫下解放出来，即实现个人独立和国家独立。在这二者之中，他又首先注重个人独立。他说：“国与国是平等的，但如果人没有独立的精神，国家独立的权利还是不能伸张。”[10]他曾列举三点理由来说明这个道理：第一，没有独立精神的人，不会深切地关心国事；第二，在国内得不到独立地位的人，也不能在接触外人时保持其独立的权利；第三，没有独立精神的人，会仗势做坏事。福泽谕吉不但强调个人独立的重要意义，而且分析了影响个人独立的原因。他认为，亚洲式的专制主义是制约个人独立的最大障碍。为使深受专制主义束缚的日本人民获得个人独立，并最终实现国家独立，福泽谕吉认为有以下两种途径可循。