对于督军团，段祺瑞用以反黎元洪与国会（主要是前国民党人）并牵制冯国璋，张勋则阴以清室复辟为谋，两人各有考虑，互为利用。段祺瑞在公开场合对督军团也不无批评，但私下里又与张勋有不少往还。然就段祺瑞的个人态度，“生平最看不起两张”——张勋和张作霖，但“想学袁利用张勋的故习，在冯、段争北洋领袖互不相下之局势下，利用他掣冯的肘，在西南声势夺人的局势下，利用他对抗西南。”对张的作为“表面发怒而私心欢喜，因为骂国会和西南政客正中他的下怀。”于是，“一个粗犷武夫俄然变成了督军团的独裁者，他得意忘形之余，莫说北政府不在他眼下，西南不在他眼下，连参加同盟的各省盟友也都不在他眼下。他个人的意见就是团体的意见，莫说事前不征求盟友的意见，如果事后有一个盟友的同意电报到迟了一步，他就骂那个盟友不够朋友，侵犯了他盟主的尊严。”机缘所至，督军团和张勋一时为政坛所瞩目。
以张勋领头的督军团干政的重点是攻击国会与前国民党人。9月2日，张勋以上海租界破获的一起烟土案为由，诬蔑前国民党人、司法总长张耀曾“贩土营私，丧权辱国，罪状卓著，无可讳言”；“众议员等，党同伐异，一味盲从，而尤失其代表人民之资格”；“应请我大总统尊重国权，征求舆论，令张耀曾暂缓赴任，并由法庭提起公诉，彻底追查”；并声称“勋敢代表大多数之国民曰，此等阁员，此等议员，我辈国民断难承认”。13日，张勋等七省督军又联电要求罢免张耀曾。张耀曾为此愤而辞职，经多方慰留而后留任。25日，张勋、倪嗣冲等33位北洋军政长官又联名通电，攻击拟北上就任的外交总长唐绍仪“学识凡庸，材知猥下”，“典绩无称，瑕疵丛集”，“至于外交经验，则除谙通善应酬而外，更无表见”；威胁如“使其仍长外交”，“则勋等于唐就职以后署名签押之件，势必一律不敢闻命”。在督军团的公然威胁之下，唐绍仪被迫坚请辞职。对于督军团“此等肆无忌惮之行动”，舆论有强烈的批评，认为“政府置若罔闻，既不禁止徐州会议，又不押收散布之传单，一若任武夫之跋扈，奸人之跳梁，而视为无足介意者，诚不知政府是何居心？无怪近日谣言四起，谓徐州会议、天津公民大会，均为段总理及其部下与帝制余孽协力压服民党之作用”。