于是，隆庆三年（1569年）被授于正四品，南直隶巡抚，驻苏州。正如《四库全书总目提要》一书所言，海瑞是个“不自知其不可通”的死硬派，他不了解社会风气江河日下，他不知道大厦将圮只手难以支撑。一上任，就做了两条大板凳放在公堂之上，宣称为专打贪污犯的屁股而设，这位刚愎自用、矫枉过直的老汉，觉得打屁股还不过瘾，给皇帝建议，得恢复老祖宗的办法，凡贪官，都给他剥皮揎草。结果闹得舆论哗然，御史弹劾他导使皇帝法外用刑。海老碰了一鼻子灰，才悻悻然住手。从此，对这位道德大主教，神宗索性采取供起来的办法，有职无权，有位无事，直到万历十五年（1587年）年末，老先生终于在寂寞中悒悒去世。
“卒时，佥都御史王用汲入视，葛帏敝籯，有寒士所不堪者。因泣下，醵金为殓。”呜呼，海刚峰的一生，是一位以肃贪倡廉为己任的斗士，他本期望他的不懈努力，能对帝国的廉政建设，对官吏的道德重振，有所作为，有所改善。然而，朱明王朝，到了神宗（就是在定陵里躺着的那位），从上而下的贪污腐败风气，变本加厉，已不可收拾。《明史》说：“明亡，实亡于神宗。”海瑞的所作所为，对腐朽的大明王朝可以说是不起任何作用，只好看着朱皇帝打下的天下，走向衰亡。