除了大肆游玩，萧宝卷在朝政中亲小人，远贤臣。宦官王宝孙只有十三四岁，却最受萧宝卷宠信。因此，王宝孙随意干预朝政、控制大臣，无人能管，公卿大臣们见了他，都恭恭敬敬，屏息静气。
萧宝卷宠爱潘贵妃，于是对潘贵的要求是无不答应。他令人把金子做成莲花的样子放在地上，让潘妃在上面行走，然后美其名曰“步步生莲花”。爱乌及屋，潘贵妃的父亲潘宝庆因此得到萧宝卷的宠信，被称为“阿丈”。潘宝庆由此狗仗人势，到处诬陷商人，强抢他人田宅财产，为防后患，竟然将被抢人家杀光灭口，搞得民不聊生。
至此，整个朝廷在萧宝卷的胡作非为之下混乱不堪，大臣们朝不保夕，百姓苦不堪命，社会动荡不安。在这种背景下，一场大的危机也就即将来临。
公元500年，晋冀州刺史裴叔业为了避免被萧宝卷杀死，投降了北魏。萧宝卷派平西将军崔慧景率兵讨伐。当崔慧景率军到达广陵（今江苏扬州市）以外数十里的地方时，他突然召集下级将领，以当今皇帝昏庸残暴为由，举兵叛变萧宝卷。崔慧景随后迎江夏王萧宝玄为主，率兵顺利渡过长江，向建康进发。萧宝卷所派军队全都不是崔慧景的对手，被杀得溃不成军，只好紧闭城门，坚守不出。