然而克复安庆的喜悦还没有过去，朝中又出现重大变局。
咸丰死前安排了以肃顺为核心的八位顾命大臣辅佐载淳，肃顺是湘军集团的坚定支持者。因此这一安排表面上非常有利于曾国藩。
然而咸丰留下来的权力结构是极不稳定的，顾命八大臣中，竟然没有咸丰帝的亲弟弟、手握外交大权在北京处理与洋人交涉事宜的恭亲王奕訢。这显然是极不正常的。关于小皇帝的两个母亲，嫡母慈安和生母慈禧，也没有明确的权力安排。与此同时，长期以来，肃顺利用咸丰的信任严刑峻法、独断专行，得罪了很多人，在朝中已经相当孤立。因此胡林翼死前预测中枢必将发生非常之变故，他在写给曾国藩的信中说，“主少国危，又鲜哲辅，殊堪忧惧”。
曾国藩也是这样想的。他与咸丰磨合十年，好不容易获得了皇帝的信任，与最高权力的关系进入稳定期，结果出任两江总督不过一年，皇帝就去世了，他的前途是吉是凶，前途未卜。
但是他非常清楚，朝廷就是再乱，也不可能殃及到他的身上，他是封疆大吏，手下有数万雄兵，更关键的是，朝廷必须用他来对付太平军。