驻屯于北京的大顺军将士不知道的是，就在礼政府下令为李自成的登基作准备时，李自成所率的二十万精锐大军已被吴三桂和清军联手击败，他们的主公正在狼狈逃回北京的路上。
《甲申传信录》中的一句记载可以想见李自成农民军败退时的狼狈：“步兵尽死，马一日夜驰五百里，心胆消丧。”对李自成和他麾下的将士来说，崇祯自尽，明朝灭亡，大家都以为天下已定，大功告成，没有多少仗要打了。可没想到小小一个山海关却成了他们的滑铁卢。他们更没想到的是，吴三桂冲冠一怒为红颜，竟把关外的满洲军队引进中原，从而使得甲申年的中国命运变得更加扑朔迷离。
一个人可能因失败而变得暴戾，一支军队同样如此。败回北京当天，大顺军“大队入城，全无纪律”。这支几天前还春风得意的军队这时已成疲惫之师，官兵人等遍搜驴骡。与遍搜驴骡同步进行的，是对民间的抢劫和对妇女的奸污。不少受辱后义不再生的妇女纷纷投井自杀，其数“不可胜计”。
甲申年四月二十九日，李自成在风雨飘摇的北京城武英殿登基即位，接受百官朝贺，并追封七庙。凌晨，这位真正登上帝位还不到一天的草莽英雄撤离北京。由于军队人数众多，一直到三十日午时，大队人马方才基本退出北京。退出北京前，按照中国历史上的失败者们不成文的先例，这支军队也在这座古老的城市里放了火——主要焚毁对象是宫殿和各门城楼，唯有当初李自成进城时经过的正阳门城楼没有遭受兵火之灾。