宋元时期，汉族人民在澎湖已有相当数量。汉人开拓澎湖后开始向台湾发展，带去先进的生产技术。12世纪中叶南宋将澎湖划归福建路晋江县（今福建晋江）管辖，并派兵戍守。大陆和台湾的联系日渐频繁。
元朝进一步加强对台湾的管理。元世祖曾派员到台湾宣抚，并在澎湖设澎湖巡检司，隶属福建泉州路同安县（今福建厦门），虽然没有直接将台湾岛并入其内，却是中国中央政府对台湾地区的首次官署设置。
明朝初期仍设澎湖巡检司，直至1387年因实施海禁而废除，并把居民迁到漳州、泉州一带。1563年考量沿海治安等因素，复设澎湖巡检司。
明朝以后大陆与台湾的人民往来不绝。永乐年间郑和率船队曾在台湾停留。17世纪20年代的明朝末叶大陆居民开始大规模移居台湾，给台湾社会经济和文化的发展以极大推动。其时福建人颜思齐、郑芝龙为抗拒官府欺压率闽粤居民迁居台湾，一面从事农耕、贸易，另一面组织武装力量抗御倭寇和荷兰人。1628年闽南大旱，百姓无以为生，郑芝龙组织灾民数万到台湾垦荒定居，各地逐渐形成许多村落。台湾自此进入大规模开发时期。