再说艾尔通，原来他被海盗们绑架了。他们认出艾尔通曾是他们的同伙后，就逼他再度加入他们。艾尔通拒绝了，他们就虐待他。正当艾尔通失去知觉的时候，神秘的事再次发生了，他们发现小溪边躺着五具海盗的尸体，艾尔通则躺在自己的床上。
接连发生的怪事激励着大家去寻找答案。他们搜索了荒岛整个北部地区，结果什么也没有发现。
10月15日晚上，正当他们打算在“花岗石宫”里休息时，餐厅里响起了一阵急促的电报铃声，电报要求他们“立刻到畜栏来”。他们赶到畜栏，只见桌上有一张纸条，上面用英文写着：沿着新电线一直走。他们走出屋外，看见在畜栏外的一根电线杆旁，果然有一根新电线拖在地上。他们沿着新电线，爬上畜栏所在的山谷，跨过瀑布河，登上高地，攀缘悬崖，直到午夜时分，方才来到海滩上。
在海滩旁的一个洞里，他们发现有一只小船。他们登上小船，沿洞继续向前探寻。在距洞口将近一千米处的湖中心，他们看见一艘长长的、雪茄烟似的潜水船。他们登上潜水船，沿舱口下去，走进一间宽敞华丽的大厅。在大厅的沙发上躺着的，正是他们日夜思念、急于寻找的那个常在暗中帮助他们的神秘人——尼摩船长。