如同当时英国人所评价的那样，左宗棠的西征军"基本上近似一个欧洲强国的军队"，而"和中国人的战术比较起来"，阿古柏的"战术只是一个小学生的战术"。阿古柏自以为"设险重叠，有恃无恐"，却不料在刘锦棠等部"取急风迅雷之势"的打击下，仅用了不到半个月的时间，清军就彻底打垮了阿古柏苦心经营半年之久的天山防线，全歼其主力部队，使得南疆门户洞开。在先后收复达坂城和托克逊城之后，阿古柏逃往焉耆，留下他的小儿子驻守库尔勒为其垫后。
在收复了达坂、托克逊、吐鲁番三城后，左宗棠决定迅速收复南八城。他命令刘锦棠速谋进取，务出万全；调张曜同赴前行，兼筹粮运；饬徐占彪留吐鲁番办理善后。此时，西征大军已锐不可当，南八城的收复也为期不远。
不久，清军又收复了吐鲁番，阿古柏一看通往南路的门户大开，在西征军的强大攻势面前，自知大势已去，日夜忧泣，1877年5月29日凌晨，穷途末路的阿古柏在库尔勒暴毙。此人的死亡和出生一样是个谜，有说是暴病身亡，有说是被众叛亲离的部下毒杀，而左宗棠在上报清廷的奏章中认为阿古柏是在遭到清军沉重打击之后，于绝望中"仰药自毙"。