元僧赴日本者也不少，据木宫泰彦《日中文化交流史》记载，共有13人，还有许多人因姓名无考，故未列入表中。这13人中有传临济宗的，也有传曹洞宗的。赴日的原因也不同，有的是奉元廷之命赴日的，有的是应日本政府的招聘前往的，还有的是因羡慕日本的优美环境而打算移居于彼的。
赴日僧人中最著名的是庆元普陀寺的一山一宁。元成宗为促使日本朝贡，特派一山一宁前去送国书。大德三年（1299年），一山一宁搭乘日本商船赴日，随行的有西涧土昙、石梁仁恭。其中西涧土昙曾在至元八年（1271年）到过日本，时年23岁，在京都、镰仓等地居住7年，至元十五年（1278年）归国，相隔20余年后，再度跟随一山一宁赴日。当一山一宁一行经过京都转往关东时，受到了京都僧俗各界的热烈欢迎。师事过一山一宁的日本僧人虎关师鍊记载当时的盛况说：
京都僧俗为一瞻一山一宁大师的风采，竟至倾城出动，车如流水，马若游龙，人喊马嘶，观者如潮，道路为之堵塞。这段记载，未免有夸张之处，但日本僧俗官员对一山一宁顶礼膜拜的情景，大致是可信的。