公元四0年，交陆(今安南境)女子徵侧纠众造反。南方蛮夷很多响应，声势浩大，被扰的有六十余城。马援奉命去征剿。这时中国的南部还是未辟的边荒，马援率兵沿海而进，随山开路，凡千余里。苦战年余，终于败斩徵侧。
这次师行所经，每每下面是湿地，上面是瘴雾，不宜于居人。马援有时卧军营中，看见只只飞鸟，耐不住瘴，落在水中。同行的兵士，犯瘴疫死的有十分之四五。马援属下有一位将军还没有到战场便病死。马援凯旋时年已五十八，却还猛健如壮年。
他师行所至，便教人民修治城郭，穿渠灌溉，同教给西方人的差不多。这与中国西、南两部的开发很有关系。他不但是个大将，并兼是个拓荒者呢。
他还洛阳后，故人多来慰劳说，从此可以休息了。他摇头说：“现在匈奴、乌桓(东胡的余族)还侵扰北边，我正想请旨去打他们。男儿合当死在边野，用马革裹尸还葬。哪能安卧床上，死在儿女子手中呢?”在家才月余，果然又请行。匈奴、乌桓听说他来，都散去了。
公元四八年，马援已六十二岁。闻南方武陵蛮反，汉将败死，又自请去征讨。光武怜他年老，不肯答应。他说：“臣尚能披甲上马。”光武命他试一试，他果然披挂整齐，按鞍顾盼。光武笑说：“这老头儿真壮啊。”遂许他出兵。当年他在西北牧畜时，本来常常勉励部下说：“穷当益坚，老当益壮。”