在军营里的头两年，笛卡儿依然过着不受干扰的沉思生活，后来他参加了巴伐利亚军。在巴伐利亚，由于天气寒冷，他经常躲在一个火炉边思考。他自己说，他的一半哲学思想就是在那时形成的—苏格拉底有在雪地里沉思的习惯，而笛卡儿的大脑似乎在觉得暖和时才能思考。
1625年，笛卡儿在巴黎定居。他的朋友们经常在一大早就来拜访他，而此时的笛卡儿还没有起床，这让他苦恼不已。于是，在1628年时，他再次参军。之后，他在荷兰住了20年，因为17世纪的荷兰是当时世界上唯一有思想自由的国家。
有段时间，笛卡儿与瑞典女王有了信件联系。笛卡儿赠给了她一篇关于爱情的论述，还送她一篇论灵魂的文章。为了答谢笛卡儿，女王邀请笛卡儿到她的王宫里居住。但是，除了笛卡儿睡意正浓的凌晨5点，女王再也抽不出任何时间听笛卡儿给她讲解哲学。所以，对于体质一向孱弱的笛卡儿而言，在冬日里早起，实在不是一件好事。加上其他一些原因，笛卡儿终于一病不起，于1650年2月逝世。