耶律楚材还反对蒙古的屠杀政策。根据蒙古惯例，对拼死抵抗的城池，城破之时，就要屠城，作为报复。耶律楚材力劝窝阔台改变这种野蛮做法，认为得地无民，将一无所获。窝阔台听取他的建议，在之后的征战中，多次要求军士不得肆意屠戮百姓。1233年，窝阔台征讨河南时，就制作数百面旗子，发给降民，让他们以此为凭，回归乡里。1234年初，速不台攻克汴京，因为汴京军民曾经顽强抵抗，于是速不台向窝阔台建议屠城。耶律楚材得知后，极力劝说窝阔台，反对屠城。窝阔台同意他的看法，决定只向完颜皇族问罪。
另外，窝阔台还采纳耶律楚材其他的一些建议，如禁止蒙古贵族掠民为奴；爱惜民力，保护农业；轻徭薄赋，努力恢复生产等等。这些措施的实施，有利于社会的发展，为蒙古族由落后游牧奴隶制向先进的封建制度转变奠定了基础。