为此，洪秀全自广西返回花县后，致力于宗教著述，把儒学大量引进拜上帝教，以弥补教义的贫乏。而且，此时洪秀全正值反清思想退潮，转入宗教救世阶段，因而，儒学中的不少消极成分被纳入他的早期著述。
随着1847年后，洪秀全反清思想再次升级，决心用暴力推翻清廷时，不少教义和理论就难以适应形势和洪秀全思想的变化，不能成为洪秀全反清革命的武器。如忍耐、顺从现实命运安排，作为人死后灵魂归宿的天堂地狱说，三位一体说，行善戒恶救世说等等，都与洪秀全的反清革命行动相悖。因而，洪秀全不得不修正或抛弃，创造新的教义，并对原来的教义加以改造使之适合起义需要。
洪秀全的革命化时期
1847年到1853年，可以说是洪秀全的革命化时期。在1847年，洪秀全到了广州研读圣经，学习有关基督教的仪式、规范，眼界大为开阔，宗教知识也较前丰富。之后，他第二次赴桂，在紫荆山基地受到教众的拥戴，反清思想再次回升，决定与冯云山一道在广西传教，展拓基地，拜上帝教众日益增多。而且，地主团练与清朝官府迫害教众，引发反迫害斗争。同时，天地会起义导入高潮，广西局势动荡不安，教众革命化军事化势头猛烈，一场反清起义的风暴正在准备和酝酿。